Acerca da bioinformática em geral, julgue os itens subsequentes.
A bioinformática pode ser definida como uma área multidisciplinar que envolve principalmente a Biologia, a Ciência da Computação, a Matemática e a Estatística.
Acerca da bioinformática em geral, julgue os itens subsequentes.
O projeto Genoma Humano tinha como objetivo a análise dos genes que compõem o DNA humano. Concluído em 2001, esse projeto contou com o apoio decisivo da bioinformática.
Acerca da bioinformática em geral, julgue os itens subsequentes.
A biologia computacional é um campo de pesquisa muito próximo ao da bioinformática
Acerca da bioinformática em geral, julgue os itens subsequentes.
Enquanto a biologia computacional geralmente trata de ferramentas para organização e recuperação de informações biológicas, a bioinformática geralmente está relacionada ao desenvolvimento de algoritmos
Acerca da bioinformática em geral, julgue os itens subsequentes.
Dayhoff, Waterman e Altschul são pesquisadores de relevante importância para o desenvolvimento da bioinformática
Com relação aos bancos de dados genômicos, julgue os itens a seguir.
O formato FASTA é composto por uma linha de comentário iniciada por “>”; pela sequência biológica; e por um "*" opcional, que marca o final da sequência.
Com relação aos bancos de dados genômicos, julgue os itens a seguir.
O MSS (multiple sequence standard) é um formato comum para alinhamentos múltiplos de sequências.
Com relação aos bancos de dados genômicos, julgue os itens a seguir.
O AceDB foi um dos primeiros bancos de dados genômicos.
Com relação aos bancos de dados genômicos, julgue os itens a seguir.
O NCBI (National Center for Biotechnology Information) mantém o GenBank, que é uma coleção anotada de sequências de DNA disponíveis publicamente.
Com relação aos bancos de dados genômicos, julgue os itens a seguir.
A base de dados nr é mantida pelo NCBI, e sua sigla significa new and representative.
Com relação aos bancos de dados genômicos, julgue os itens a seguir.
O DDBJ, o EMBL e o GenBank são os mais importantes bancos de dados públicos de informação genômica e são sincronizados diariamente.
Quanto à comparação de sequências biológicas, julgue os seguintes itens.
O objetivo principal da comparação de sequências biológicas é encontrar o(s) alinhamento(s) de maior escore de similaridade.
Quanto à comparação de sequências biológicas, julgue os seguintes itens.
O algoritmo de Smith-Waterman permite encontrar o alinhamento ótimo entre duas sequências, porém, devido à sua complexidade exponencial de tempo, sua execução é muito demorada.
Quanto à comparação de sequências biológicas, julgue os seguintes itens
O BLAST é executado em duas grandes fases: semeadura (seeding) e extensão
Quanto à comparação de sequências biológicas, julgue os seguintes itens
O programa ssearch permite implementar uma variação do BLAST.
Quanto à comparação de sequências biológicas, julgue os seguintes itens
O BLAST é um conjunto de programas que podem ser executados via sítio do NCBI.
No que diz respeito ao alinhamento múltiplo de sequências, julgue os próximos itens;
O alinhamento múltiplo de sequências consiste no alinhamento de mais de duas sequências.
No que diz respeito ao alinhamento múltiplo de sequências, julgue os próximos itens;
O alinhamento múltiplo de sequências é bastante utilizado para obtenção das estruturas terciárias das proteínas que compõem o mesmo.
No que diz respeito ao alinhamento múltiplo de sequências, julgue os próximos itens;
O CLUSTALW é uma das ferramentas heurísticas mais comuns para alinhamento múltiplo de sequências.
No que diz respeito ao alinhamento múltiplo de sequências, julgue os próximos itens;
O HMMER usa modelos coloridos de Markov para alinhar uma sequência de aminoácidos com um determinado perfil (profile).
No que diz respeito ao alinhamento múltiplo de sequências, julgue os próximos itens;
Os métodos progressivos de alinhamento múltiplo de n sequências possibilitam calcular, na última fase, o alinhamento de todos os possíveis pares de sequências.
No que diz respeito ao alinhamento múltiplo de sequências, julgue os próximos itens;
A análise filogenética usa geralmente o alinhamento múltiplo de sequências.
No que diz respeito ao alinhamento múltiplo de sequências, julgue os próximos itens;
O alinhamento múltiplo de sequências pode ser local ou global
Acerca de sequências de macromoléculas aplicadas ao câncer, julgue os itens a seguir.
O formato de sequências FASTA obedece a um padrão que é definido por uma linha que se inicia pelo símbolo >, que determina uma definição curta sobre a sequência.
Acerca de sequências de macromoléculas aplicadas ao câncer, julgue os itens a seguir.
O sequenciamento genômico estrutural de célula extraída de câncer utiliza bibliotecas de cDNA, submetidas a processo de shot gun.
Acerca de sequências de macromoléculas aplicadas ao câncer, julgue os itens a seguir.
O formato FASTA de sequências nucleotídicas é sempre mostrado em letras minúsculas.
Acerca de sequências de macromoléculas aplicadas ao câncer, julgue os itens a seguir.
O método SAGE provê uma análise quantitativa da expressão gênica, com a vantagem de conseguir detectar transcritos desconhecidos em uma hiperplasia.
Considerando o alinhamento de uma sequência nucleotídica desconhecida em relação a um banco de dados de genes associados ao câncer, julgue os itens seguintes.
No resultado de alinhamento, por meio do programa BLAST, de gene associado ao câncer de mama, o e-value corresponde ao inverso da probabilidade resultante de um alinhamento que seja obtido ao acaso com uma sequência do banco de dados.
Considerando o alinhamento de uma sequência nucleotídica desconhecida em relação a um banco de dados de genes associados ao câncer, julgue os itens seguintes.
Duas sequências similares e com a mesma função são ditas homólogas e não têm ancestral comum.
Considerando o alinhamento de uma sequência nucleotídica desconhecida em relação a um banco de dados de genes associados ao câncer, julgue os itens seguintes.
A matriz de penalidade BLOSUM62 considera os blocos de sequência com, no máximo, 62% de identidade.
Considerando o alinhamento de uma sequência nucleotídica desconhecida em relação a um banco de dados de genes associados ao câncer, julgue os itens seguintes.
O programa BLASTp permite a comparação de uma sequência de aminoácidos com todas as proteínas de cada sequência de aminoácido possível, calculada a partir de cada sequência de nucleotídeos depositada no banco, nos 6 quadros de leitura, além das sequências depositadas diretamente como string (sequência) de aminoácidos.
Considerando o alinhamento de uma sequência nucleotídica desconhecida em relação a um banco de dados de genes associados ao câncer, julgue os itens seguintes.
Parálogos são genes que possuem a mesma função na mesma espécie, em consequência de fenômenos de duplicação gênica.
Considerando o alinhamento de uma sequência nucleotídica desconhecida em relação a um banco de dados de genes associados ao câncer, julgue os itens seguintes.
Ortólogos são genes que possuem funções diferentes em espécies diferentes.
Uma revolução está em curso: a abordagem ao estudo da base genética do câncer. Enormes quantidades de dados são geradas por meio de técnicas de alto desempenho, como a tecnologia de microarranjos de DNA, e novos algoritmos computacionais têm sido desenvolvidos para auxiliar a análise desses dados. Ao mesmo tempo, as normas de repositórios de base, incluindo o banco de dados de Microarranjo de Stanford e da expressão do gene omnibus, têm sido desenvolvidas para armazenar e divulgar os resultados de experimentos de microarranjo.
Tendo o texto apresentado acima apenas como referência inicial, julgue os itens subsequentes.
A tecnologia de microarranjos baseia-se na hibridização entre as proteínas derivadas de um espécime biológico que são marcadas por fluorocromos e uma sonda de DNA de uma amostra desconhecida.
Uma revolução está em curso: a abordagem ao estudo da base genética do câncer. Enormes quantidades de dados são geradas por meio de técnicas de alto desempenho, como a tecnologia de microarranjos de DNA, e novos algoritmos computacionais têm sido desenvolvidos para auxiliar a análise desses dados. Ao mesmo tempo, as normas de repositórios de base, incluindo o banco de dados de Microarranjo de Stanford e da expressão do gene omnibus, têm sido desenvolvidas para armazenar e divulgar os resultados de experimentos de microarranjo.
Tendo o texto apresentado acima apenas como referência inicial, julgue os itens subsequentes.
Em um experimento de microarranjo, as imagens constituem os dados da análise de expressão gênica, sendo diretamente obtidas no processo de endereçamento das regiões, sem a influência dos spots.
Uma revolução está em curso: a abordagem ao estudo da base genética do câncer. Enormes quantidades de dados são geradas por meio de técnicas de alto desempenho, como a tecnologia de microarranjos de DNA, e novos algoritmos computacionais têm sido desenvolvidos para auxiliar a análise desses dados. Ao mesmo tempo, as normas de repositórios de base, incluindo o banco de dados de Microarranjo de Stanford e da expressão do gene omnibus, têm sido desenvolvidas para armazenar e divulgar os resultados de experimentos de microarranjo.
Tendo o texto apresentado acima apenas como referência inicial, julgue os itens subsequentes.
Na quantificação dos spots de um microarranjo, a intensidade é igual à diferença entre a mediana da intensidade de luz (vermelha ou verde) e a mediana da intensidade de luz do background, multiplicada pela área do círculo.
Cientistas têm observado que os avanços tecnológicos no sequenciamento do DNA se espelharam na lei de Moore para microprocessadores, isto é, o número de elementos funcionais que podem ser colocados em um chip por custo unitário tem dobrado a cada dezoito meses, nas últimas décadas. De fato, as novas gerações de sequenciadores de DNA estão aumentando a velocidade de leitura muito mais rapidamente que o previsto pela lei de Moore. O primeiro genoma humano sequenciado demorou três ou quatro anos para ficar pronto e custou cerca de US$ 300 milhões. Acredita-se que, em dez anos, uma sequência do genoma humano individual vai custar menos de US$ 1 mil – 300 mil vezes menos do que custou a primeira –, e poderá ser feita em apenas um dia. Na próxima década, avanços similares em outras tecnologias biomédicas relevantes possibilitarão o aparecimento de uma medicina previsiva e personalizada. Com relação ao sequenciamento de genoma, julgue os próximos itens.
No pirossequenciamento, ocorre a amplificação do DNA por PCR em emulsão, e a incorporação de cada nucleotídeo acarreta a liberação de pirofosfato.
Cientistas têm observado que os avanços tecnológicos no sequenciamento do DNA se espelharam na lei de Moore para microprocessadores, isto é, o número de elementos funcionais que podem ser colocados em um chip por custo unitário tem dobrado a cada dezoito meses, nas últimas décadas. De fato, as novas gerações de sequenciadores de DNA estão aumentando a velocidade de leitura muito mais rapidamente que o previsto pela lei de Moore. O primeiro genoma humano sequenciado demorou três ou quatro anos para ficar pronto e custou cerca de US$ 300 milhões. Acredita-se que, em dez anos, uma sequência do genoma humano individual vai custar menos de US$ 1 mil – 300 mil vezes menos do que custou a primeira –, e poderá ser feita em apenas um dia. Na próxima década, avanços similares em outras tecnologias biomédicas relevantes possibilitarão o aparecimento de uma medicina previsiva e personalizada. Com relação ao sequenciamento de genoma, julgue os próximos itens.
O sequenciador Illumina utiliza a técnica de sequenciamento por síntese, em que um nucleotídeo é incorporado por vez, em uma reação catalizada pelo DNA polimerase fixada em uma nanoesfera.
Cientistas têm observado que os avanços tecnológicos no sequenciamento do DNA se espelharam na lei de Moore para microprocessadores, isto é, o número de elementos funcionais que podem ser colocados em um chip por custo unitário tem dobrado a cada dezoito meses, nas últimas décadas. De fato, as novas gerações de sequenciadores de DNA estão aumentando a velocidade de leitura muito mais rapidamente que o previsto pela lei de Moore. O primeiro genoma humano sequenciado demorou três ou quatro anos para ficar pronto e custou cerca de US$ 300 milhões. Acredita-se que, em dez anos, uma sequência do genoma humano individual vai custar menos de US$ 1 mil – 300 mil vezes menos do que custou a primeira –, e poderá ser feita em apenas um dia. Na próxima década, avanços similares em outras tecnologias biomédicas relevantes possibilitarão o aparecimento de uma medicina previsiva e personalizada. Com relação ao sequenciamento de genoma, julgue os próximos itens.
O formato padrão dos arquivos produzidos pelo sequenciador SOLID foi nomeado Standard Flowgram File (SFF) e pode conter dados de uma ou várias sequências.
Cientistas têm observado que os avanços tecnológicos no sequenciamento do DNA se espelharam na lei de Moore para microprocessadores, isto é, o número de elementos funcionais que podem ser colocados em um chip por custo unitário tem dobrado a cada dezoito meses, nas últimas décadas. De fato, as novas gerações de sequenciadores de DNA estão aumentando a velocidade de leitura muito mais rapidamente que o previsto pela lei de Moore. O primeiro genoma humano sequenciado demorou três ou quatro anos para ficar pronto e custou cerca de US$ 300 milhões. Acredita-se que, em dez anos, uma sequência do genoma humano individual vai custar menos de US$ 1 mil – 300 mil vezes menos do que custou a primeira –, e poderá ser feita em apenas um dia. Na próxima década, avanços similares em outras tecnologias biomédicas relevantes possibilitarão o aparecimento de uma medicina previsiva e personalizada. Com relação ao sequenciamento de genoma, julgue os próximos itens.
A partir de um genoma de referência, pode-se mapear as sequências produzidas pelas novas tecnologias de sequenciamento e agrupá-las conforme sua posição relativa, e, a partir desse mapeamento, identificar polimorfismos responsáveis pela manifestação de doenças como o câncer.
Cientistas têm observado que os avanços tecnológicos no sequenciamento do DNA se espelharam na lei de Moore para microprocessadores, isto é, o número de elementos funcionais que podem ser colocados em um chip por custo unitário tem dobrado a cada dezoito meses, nas últimas décadas. De fato, as novas gerações de sequenciadores de DNA estão aumentando a velocidade de leitura muito mais rapidamente que o previsto pela lei de Moore. O primeiro genoma humano sequenciado demorou três ou quatro anos para ficar pronto e custou cerca de US$ 300 milhões. Acredita-se que, em dez anos, uma sequência do genoma humano individual vai custar menos de US$ 1 mil – 300 mil vezes menos do que custou a primeira –, e poderá ser feita em apenas um dia. Na próxima década, avanços similares em outras tecnologias biomédicas relevantes possibilitarão o aparecimento de uma medicina previsiva e personalizada. Com relação ao sequenciamento de genoma, julgue os próximos itens.
O sequenciador 454 produz sequências de cerca de 250 bases de comprimento, enquanto o Illumina obtém fragmentos de DNA com 45 bases, no máximo.
Julgue os itens que se seguem, acerca da organização de bancos de dados de genes.
Anotação genômica é o processo de predição funcional de genes com base em comparações com bancos de dados.
Julgue os itens que se seguem, acerca da organização de bancos de dados de genes.
No banco de dados de ESTs (etiquetas de sequências expressas) armazenado no GenBank, estão estocadas sequências curtas de cerca de 200 a 500 nucleotídeos e identificadas como únicas em um genoma resultante de um amplicon pela reação da polimerase em cadeia (PCR).
Julgue os itens que se seguem, acerca da organização de bancos de dados de genes.
As bases de dados COG e KOG são bases de dados de proteínas ortólogas de organismos procariotos (COG) e eucariotos (KOG).
O microarranjo é uma técnica que busca medir os níveis de expressão de transcritos em larga escala. A tecnologia dos microarranjos tem impulsionado, de maneira importante, a pesquisa de genômica funcional de diferentes organismos, desde a bactéria até o ser humano, em situações normais e patológicas (câncer, doenças autoimunes, doenças degenerativas, entre outras). Considerando os processamentos bioinformáticos dos experimentos de microarranjo, julgue os itens a seguir.
De modo geral, os passos para a análise de microarranjos são: preparação, aquisição, processamento, análise da imagem, quantificação e normalização e, finalmente, a identificação dos genes diferencialmente expressos.
O microarranjo é uma técnica que busca medir os níveis de expressão de transcritos em larga escala. A tecnologia dos microarranjos tem impulsionado, de maneira importante, a pesquisa de genômica funcional de diferentes organismos, desde a bactéria até o ser humano, em situações normais e patológicas (câncer, doenças autoimunes, doenças degenerativas, entre outras). Considerando os processamentos bioinformáticos dos experimentos de microarranjo, julgue os itens a seguir.
As medidas de intensidade de fluorescência, em cada canal de cor da imagem, podem ser distorcidas durante os passos de preparação de dados. A normalização de dados desconsidera condições experimentais como as variações de intensidade e hibridização
O microarranjo é uma técnica que busca medir os níveis de expressão de transcritos em larga escala. A tecnologia dos microarranjos tem impulsionado, de maneira importante, a pesquisa de genômica funcional de diferentes organismos, desde a bactéria até o ser humano, em situações normais e patológicas (câncer, doenças autoimunes, doenças degenerativas, entre outras). Considerando os processamentos bioinformáticos dos experimentos de microarranjo, julgue os itens a seguir.
A normalização utiliza descritores estatísticos que incluem a média, mediana, moda ou percentil da distribuição da intensidade das amostras no arranjo.
O microarranjo é uma técnica que busca medir os níveis de expressão de transcritos em larga escala. A tecnologia dos microarranjos tem impulsionado, de maneira importante, a pesquisa de genômica funcional de diferentes organismos, desde a bactéria até o ser humano, em situações normais e patológicas (câncer, doenças autoimunes, doenças degenerativas, entre outras). Considerando os processamentos bioinformáticos dos experimentos de microarranjo, julgue os itens a seguir.
O desenho experimental de um microarranjo permite a identificação de genes diferencialmente expressos e o desenvolvimento de novas ferramentas de diagnóstico.
O microarranjo é uma técnica que busca medir os níveis de expressão de transcritos em larga escala. A tecnologia dos microarranjos tem impulsionado, de maneira importante, a pesquisa de genômica funcional de diferentes organismos, desde a bactéria até o ser humano, em situações normais e patológicas (câncer, doenças autoimunes, doenças degenerativas, entre outras). Considerando os processamentos bioinformáticos dos experimentos de microarranjo, julgue os itens a seguir.
A técnica de microarranjo permite a detecção de centenas e milhares de alterações em genes codificadores de proteínas e anormalidades em genes não codificadores.
O microarranjo é uma técnica que busca medir os níveis de expressão de transcritos em larga escala. A tecnologia dos microarranjos tem impulsionado, de maneira importante, a pesquisa de genômica funcional de diferentes organismos, desde a bactéria até o ser humano, em situações normais e patológicas (câncer, doenças autoimunes, doenças degenerativas, entre outras). Considerando os processamentos bioinformáticos dos experimentos de microarranjo, julgue os itens a seguir.
A análise não supervisionada define classes de tumores por meio do agrupamento de genes ou espécimes, com base nas semelhanças dos perfis de expressão gênica, sem qualquer organização inicial.
O microarranjo é uma técnica que busca medir os níveis de expressão de transcritos em larga escala. A tecnologia dos microarranjos tem impulsionado, de maneira importante, a pesquisa de genômica funcional de diferentes organismos, desde a bactéria até o ser humano, em situações normais e patológicas (câncer, doenças autoimunes, doenças degenerativas, entre outras). Considerando os processamentos bioinformáticos dos experimentos de microarranjo, julgue os itens a seguir.
Em câncer de mama, os experimentos de microarranjo têm, consistentemente, separado tumores com base na presença ou ausência da expressão do receptor de estrogênio (ER).
A tecnologia SAGE está baseada no sequenciamento de pequenos fragmentos de cDNA de uma região relativa do transcrito, cujo princípio se fundamenta no pressuposto de que o pequeno fragmento (tag) contém informação suficiente para identificar, univocamente, um gene. A respeito das aplicações de SAGE nas pesquisas do câncer, julgue os itens a de 92 a 100.
O método DDD (digital differential display) determina a significância da diferença de frequência de ESTs de um mesmo conjunto de bibliotecas de cDNA.
A tecnologia SAGE está baseada no sequenciamento de pequenos fragmentos de cDNA de uma região relativa do transcrito, cujo princípio se fundamenta no pressuposto de que o pequeno fragmento (tag) contém informação suficiente para identificar, univocamente, um gene. A respeito das aplicações de SAGE nas pesquisas do câncer, julgue os itens a de 92 a 100.
As sequências derivadas de bibliotecas de cDNA são processadas para identificar e eliminar as regiões de baixa qualidade, regiões de vetores, primers e outros contaminantes.
A tecnologia SAGE está baseada no sequenciamento de pequenos fragmentos de cDNA de uma região relativa do transcrito, cujo princípio se fundamenta no pressuposto de que o pequeno fragmento (tag) contém informação suficiente para identificar, univocamente, um gene. A respeito das aplicações de SAGE nas pesquisas do câncer, julgue os itens a de 92 a 100.
No banco de dados Genbank, a subdivisão RefSeq é uma coleção curada de sequências redundantes de dados de DNA genômico, transcritos e proteínas.
A tecnologia SAGE está baseada no sequenciamento de pequenos fragmentos de cDNA de uma região relativa do transcrito, cujo princípio se fundamenta no pressuposto de que o pequeno fragmento (tag) contém informação suficiente para identificar, univocamente, um gene. A respeito das aplicações de SAGE nas pesquisas do câncer, julgue os itens a de 92 a 100.
Os microRNAs (miRNAs) podem estar localizados em regiões intergênicas do genoma e possuir sua própria unidade de transcrição.
A tecnologia SAGE está baseada no sequenciamento de pequenos fragmentos de cDNA de uma região relativa do transcrito, cujo princípio se fundamenta no pressuposto de que o pequeno fragmento (tag) contém informação suficiente para identificar, univocamente, um gene. A respeito das aplicações de SAGE nas pesquisas do câncer, julgue os itens a de 92 a 100.
Os miRNA são genes RNA que são o complemento inverso de porções de transcritos de outros genes.
A tecnologia SAGE está baseada no sequenciamento de pequenos fragmentos de cDNA de uma região relativa do transcrito, cujo princípio se fundamenta no pressuposto de que o pequeno fragmento (tag) contém informação suficiente para identificar, univocamente, um gene. A respeito das aplicações de SAGE nas pesquisas do câncer, julgue os itens a de 92 a 100.
Os polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNPs) são o tipo de variação muito rara no genoma humano.
A tecnologia SAGE está baseada no sequenciamento de pequenos fragmentos de cDNA de uma região relativa do transcrito, cujo princípio se fundamenta no pressuposto de que o pequeno fragmento (tag) contém informação suficiente para identificar, univocamente, um gene. A respeito das aplicações de SAGE nas pesquisas do câncer, julgue os itens a de 92 a 100.
Na identificação de polimorfismos de nucleotídeos únicos, para entender as bases moleculares do câncer, são usadas apenas as sequências derivadas de DNA gnômico.
A tecnologia SAGE está baseada no sequenciamento de pequenos fragmentos de cDNA de uma região relativa do transcrito, cujo princípio se fundamenta no pressuposto de que o pequeno fragmento (tag) contém informação suficiente para identificar, univocamente, um gene. A respeito das aplicações de SAGE nas pesquisas do câncer, julgue os itens a de 92 a 100.
As aplicações de identificação de SNPs auxiliam o mapeamento genômico e estudos funcionais e farmacogenéticos.
A tecnologia SAGE está baseada no sequenciamento de pequenos fragmentos de cDNA de uma região relativa do transcrito, cujo princípio se fundamenta no pressuposto de que o pequeno fragmento (tag) contém informação suficiente para identificar, univocamente, um gene. A respeito das aplicações de SAGE nas pesquisas do câncer, julgue os itens a de 92 a 100.
Um banco de dados pode ser considerado uma coleção de dados inter-relacionados, projetado para suprir as necessidades de um grupo específico de aplicações e usuários.