As diferenças em tempo de retenção introduzem novos mecanismos de alteração dos reservatórios, principalmente composição das comunidades zooplanctônicas e fitoplanctônicas (composição de espécies, sucessão, biomassa, produtividade e colonização). O impacto na biodiversidade também é grande, pois a biota das águas interiores está submetida a uma série de variados impactos decorrentes das atividades humanas nas diferentes bacias hidrográficas tais como:
• Poluição, contaminação e introdução de substâncias tóxicas;
• Introdução de espécies exóticas predadoras;
• Remoção da vegetação ciliar em rios, represas e lagos;
• Atividades excessivas de pesca;
• Aumento do material em suspensão na água devido a atividades agrícolas;
• Uso excessivo de equipamentos de recreação;
• Deterioração da margem de rios, represas e lagos;
• Remoção e destruição de áreas alagadas;
• Eutrofização excessiva;
• Alteração na flutuação do nível da água e interferência no sistema hidrológico;
• Remoção de espécies de grande importância na rede alimentar;
• Aumento de navegação e transporte;
• Desmatamento em geral e perda da vegetação inundável;
• Intensificação das atividades de mineração;
• Alterações nas condições químicas e físicas das águas (qualidade da água) – temperatura, oxigênio dissolvido, pH (por acidificação), nutrientes (por eutrofização).