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I- 2 ações no passado. Para a que aconteceu primeiro usa-se had been + past participle, o que designa o passado do passado.
II- for several hours determina uma duração de tempo, o que exige progressive present perfect: uma ação que iniciou no passado e ainda acontece, com destaque à passagem contínua do tempo
III- Primeiro periodo usa simple present porque é um fato. O segundo usa simple past past porque é uma ação que ja acabou, dependendo do contexto do primeiro periodo para entender seu uso
IV - A expressao é to be born para previsão de nascimento
I) These bees had been kept in a large hive before they were taken out and examined by the beekeeper.
(As abelhas tinham sido mantidas em uma grande colmeia antes de terem sido levadas e examinadas pelo apicultor.)
Usou o "past perferct" indicando uma ação no passado que aconteceu antes de outra também no passado.
II) A thief came into his house, tied him up, took his money, and left. He has been tied up for several hours.
(Um ladrão entrou na sua casa, amarrou-o, pegou o seu dinheiro, e saiu. Ele ficou amarrado por muitas horas.)
Usou o "present perfect" indicando uma ação no passado sem o tempo definido.
III) John doesn't cook very well. He was being helped by his wife.
(John não cozinha muito bem. Ele estava sendo ajudado por sua esposa.)
Usou o "past continuous" para indicar uma ação que estava acontecendo no passado.
IV) Amanda is pregnant. She expects her baby to be born in November.
(Amanda está grávida. Ela espera que seu bebê nasça em novembro.)
Usou o infinitivo para indicar uma ação esperada para o futuro.