Maria Estuda, vale lembrar que há quem entenda que esse dispositivo não se aplica ao Direito do Trabalho, mas apenas no âmbito administrativo-trubutário, para impedir que a empresa seja beneficiada por incentivos fiscais e semelhantes (objeto do decreto).
Em outras palavras, esse prazo de três meses pode ser aplicado jurisprudencialmente, por analogia, mas não é uma previsão específica para a rescisão indireta trabalhista.
Abaixo colo alguns trechos transcritos por um colega na Q733936:
"Na avaliação do ministro Brito Pereira, não é necessário que o atraso se dê por três meses para que se justifique rescisão indireta do contrato de trabalho. O relator citou diversos precedentes com esse posicionamento, nos quais, além de se destacar que o prazo estabelecido pelo decreto-lei 368/68 repercute apenas na esfera fiscal, o período de três meses é considerado extremamente longo diante da natureza alimentar do salário.
Em um dos precedentes, o ministro Lelio Bentes Corrêa, da 1ª turma, afirmou não ser crível que um empregado "tenha que aguardar pacificamente mais de noventa dias para receber a contraprestação pecuniária pelo trabalho já realizado". Para o ministro Lelio Bentes, o atraso, desde que não seja meramente eventual, caracteriza inadimplemento das obrigações contratuais e justifica o fim do contrato por ato culposo do empregador.
Já o ministro Pedro Paulo Teixeira Manus, da 7ª turma, considera que, se o salário tem natureza alimentar, "não é razoável exigir do empregado que suporte três meses de trabalho sem a competente paga, para, só depois, pleitear em juízo a rescisão do contrato, por justa causa do empregador". Para o ministro Manus, o atraso de apenas um mês já é suficiente para causar transtornos ao trabalhador - privado de sua única ou principal fonte de renda e, consequentemente, impedido de prover o próprio sustento e de seus familiares e de honrar seus compromissos financeiros.
Ao tratar do mesmo tema, em outro precedente em que o trabalhador deixou de receber pagamento também por dois meses, o ministro Horácio Senna Pires, à época na 6ª turma, ressaltou não apenas a natureza alimentar do salário, mas também o princípio da proporcionalidade. Ele lembrou que, de acordo com as leis e a jurisprudência trabalhistas, o descumprimento da obrigação do empregado de comparecer ao serviço por período de apenas trinta dias – metade do prazo em que o empregador, no caso, descumpriu seu dever de pagar os salários – já é suficiente para caracterização da justa causa por abandono de emprego."
http://www.migalhas.com.br/Quentes/17,MI133945,101048-TST+Salario+atrasado+por+dois+meses+motiva+rescisao+indireta+e