Pra quem ainda tem dúvida sobre a Casa Civil e o Ministério da Justiça:
2000
O Arquivo Nacional passa a ficar subordinado à Casa Civil da Presidência da República.
2003
A criação do Sistema de Gestão de Documentos de Arquivo (SIGA) da Administração Pública Federal, aliada à Lei de Arquivos, confere ao Arquivo Nacional, como órgão central, um papel estratégico junto aos órgãos e entidades dessa esfera de governo.
2004
Após um premiado processo de restauração, o Arquivo Nacional transfere-se para um dos mais belos prédios construídos no século XIX, onde funcionou a Casa da Moeda (1868-1983), situado à Praça da República n. 173.
2011
Por força do decreto n. 7.430, o Arquivo Nacional volta a integrar a estrutura básica do Ministério da Justiça.
Fonte: http://www.arquivonacional.gov.br/institucional/historico.html