"Sem FORO, é MORO".
Vamos separar os conhecimentos que a questão demanda do examinando:
1) Regra de continência no CPP:
Art. 77. A competência será determinada pela continência quando:
I - duas ou mais pessoas forem acusadas pela mesma infração;
II - no caso de infração cometida nas condições previstas nos arts. 51, § 1o, 53, segunda parte, e 54 do Código Penal.
2) Competência para julgar DEPUTADO FEDERAL:
CF/88. Art. 102. Compete ao Supremo Tribunal Federal, precipuamente, a guarda da Constituição, cabendo-lhe:
I - processar e julgar, originariamente:
b) nas infrações penais comuns, o Presidente da República, o Vice-Presidente, os membros do Congresso Nacional, seus próprios Ministros e o Procurador-Geral da República;
3) Competência para julgar PREFEITO: CF/88, art. 29, X - julgamento do Prefeito perante o Tribunal de Justiça; (Renumerado do inciso VIII, pela Emenda Constitucional nº 1, de 1992)
Assim, como a questão estipula: "no caso de um prefeito municipal e dois deputados federais, em concurso de agentes, praticarem crimes contra a administração pública".
A questão principal, em caso de crime praticado em concurso por agentes com prerrogativa de foro, qual o competente?
Regra geral, prevalece o art. 78 do CPP, que estabelece como consequência da continência e conexão a unidade de julgamento, de processo. Porém, regras de fixação de competência são relativas, de modo que não podem se sobrepor a uma forma de fixação de competência fixada pela norma constitucional. Então, em geral, a regra do art. 78, III do CPP prevalece (como ex.: se o prefeito cometesse um crime de furto com outro sujeito sem prerrogativa, a prerrogativa de um puxa àqueles que não tem foro): "no concurso de jurisdições de diversas categorias, predominará a de maior graduação;"
Há posicionamento que estabelece que se duas autoridades com prerrogativa de foro cometerem um fato criminoso, como se trata de regra de competência constitucional, deveria o processo ser separado, ou seja, o prefeito seria julgado pelo Tribunal de Justiça local, e o dep. federal pelo STF. Mas isso não é pacífico, pelo contrário, é minoritário.
Mas a discussão se tornou imensa em tempos de Lava-Jato, de modo que, como todos sabem, quem não tem prerrogativa de foro ficou com juiz federal de primeira instância, então a questão é muito polêmica.
A situação de foro virou de cabeça pra baixo no Brasil, em recente decisão do STF (maio de 2018), caberá foro especial somente se o crime ocorreu durante o mandato parlamentar e que o fato tenha relação com o mandato, e o agente do crime esteja no mandato. É por isso que um ex-presidente foi julgado em 1ª inst. Agora, aqueles que não estão no mandato, que cometeu o crime antes ou depois do mandato, estão com os processos descendo às primeiras instâncias.
Mas considerando que a questão finaliza colocando que quem deveria julgar o prefeito e o deputado federal seria o STJ, estaria errada, sem precisar entrar em tanta polêmica jurisprudencial.