Dica: para esse tipo de questão, primeiro é necessário localizar o sujeito, pois em alguns casos ele poderá estar posposto ao verbo e a banca assim irá confundir aqueles aque acreditam que a frase só é escrita na ordem direta sujeito + verbo + complemento. Feito isso, inicia-se o processo de concordância verbal. Ao achar o sujeito reescreva a frase em forma direta para visualizar melhor a concordância.
Resolvendo:
1º passo: como a alternativa é loga, primeiro identifica se há mais de um sujeito e separe-os por oração. Analise uma oração por vez.
2º passo: sujeito não pode ser preposicionado porque é termo regente e não regido.
Não há lugar fixo para sujeito na frase. O cuidado com a estrutura que traz o sujeito posposto ao verbo é você classificá-lo como objeto direto, por exemplo.
Ao usar pronome relativo como sujeito é preciso ficar atento ao termo que o relativo retoma. Mas o sujeito é o pronome.
Na dúvida entre duas estruturas passíveis de serem o sujeito observar a carga passiva da estrutura pois o sujeito é quem pratica a ação e não quem sofre.
3º passo
Oração 1
Separa a oração e acha o sujeito
Com [ preposição, logo não é sujeito] o objetivo de regular os procedimentos para aquisição de passagens aéreas nacionais e internacionais, o Governo Federal criou em 2014 a modalidade de compra direta de passagens aéreas [sujeito] , sem [preposição, logo não pode ser o sujeito. Mas estou em dúvida se é uma complemento da frase ou se faz parte de dentro do sujeito sendo um complemento deste] a intermediação de agências de viagem. [...]
Reestrutra a oração após achar o sujeito
o Governo Federal [núcleo do sujeito - singular] criou [singular] em 2014 a modalidade de compra direta de passagens aéreas Com o objetivo de regular [singular] os procedimentos para aquisição de passagens aéreas nacionais e internacionais
Oração 2
Separa a oração e acha o sujeito
Os manuais e instruções sobre a compra direta [sujeito plural] encontram-se [plural] no site: Compra direta de passagens aéreas via SCDP.
Oração 3
Separa a oração e acha o sujeito
A Pró-Reitoria de Administração [sujeito singular] também disponibilizará [singular] atendimento presencial nas primeiras semanas de implantação deste novo procedimento [...]