Entre os sistemas de tratamento anaeróbio, existem as lagoas anaeróbias, os tanques sépticos, os filtros anaeróbios e os reatores de alta taxa, capazes de receber maiores quantidades de carga orgânica por unidade volumétrica, como os reatores UASB (Upflow Anaerobic Sludge Blanket) ou RAFAs (Reatores Anaeróbios de Fluxo Ascendente).
Dependendo do tipo de efluente a ser tratado, há risco de emissão de odores nesses sistemas. Esse risco pode variar dependendo do tipo de efluente a ser tratado, do controle operacional do sistema e características dos equipamentos utilizados.