Por ser um bioma com ligações próximas à e ao Cerrado, a paisagem pantaneira é bem diversificada, com árvores de médio e grande porte, típicas da Amazônia, mas também conta com a presença de árvores tortuosas de baixo e médio porte, muito comuns no Cerrado.
Nas matas ciliares, próximas dos rios, é comum encontrarmos jenipapos de 20 metros de altura, árvore amazônica. Nessa área, a vegetação é densa e exuberante, com figueiras, ingazeiros, e outras árvores altas.
As planícies inundadas do Pantanal possuem uma vegetação típica dessa localidade, como os vegetais aquáticos: aguapé, erva-de-santa-luzia, utriculária e cabomba, muitos deles utilizados para fins medicinais.