Acredito que a anulação tenha se dado em razão divergência acerca do que seriam "os graus do federalismo".
Conforme já explicaram os colegas, há doutrina que entende que os "graus de federalismo" se apura no momento da auto-organização dos entes federados, logo, considerando que os Municípios devem observar 2 Constituições distintas (CF e CE) no momento da elaboração se suas leis orgânicas, teriamos no Brasil um federalismo de segundo grau. Contudo, há doutrina que defende que os "graus de federalismo" estão ligados diretamente as esferas de Poder. Essa parcela da doutrina sustenta que até 1988 existia no Brasil um federalismo de 2º grau (divisão dicotômica), pois havia apenas 2 esferas de poder: União e Estados. Após a promulgação da CF/88 o país passou a ter um federalismo de 3º grau (divisão tricotômica), pois criou-se uma nova esfera de poder, qual seja, o Município.
Assim, acredito que a anulação tenha se dado em razão da confusão doutrinaria acerca do ponto de aferição dos graus e não efetivamente de sua quantidade no Brasil.
Bons estudos