De acordo com a CLT, em caso de dano causado pelo empregado o desconto no salário será lícito quando:
a) houver acordo prévio, que pode ser expresso por meio de cláusula contratual,prevendo a possibilidade de desconto sempre que o dano resultar de culpa do empregado, caracterizada pela imperícia, imprudência ou negligência; ou
b) ocorrer dolo, isto é ação deliberada do empregado com a intenção de causar o resultado prejudicial ao empregador.
Fonte: http://www.servicoscontabeis.com.br/trabalhista/danos_empregado.htm