Também não entendi. Vejam:
Art. 191. Além das regras contidas nos arts. 159 e 163, serão obedecidas
ainda na votação as seguintes normas de precedência ou preferência e
prejudicialidade:
I – a proposta de emenda à Constituição tem preferência na votação em
relação às proposições em tramitação ordinária;
II – o substitutivo de Comissão tem preferência na votação sobre o projeto;
III – votar-se-á em primeiro lugar o substitutivo de Comissão; havendo mais
de um, a preferência será regulada pela ordem inversa de sua apresentação;
IV – aprovado o substitutivo, ficam prejudicados o projeto e as emendas a
este oferecidas, ressalvadas as emendas ao substitutivo e todos os destaques;
V – na hipótese de rejeição do substitutivo, ou na votação de projeto sem
substitutivo, a proposição inicial será votada por último, depois das emendas
que lhe tenham sido apresentadas;
VI – a rejeição do projeto prejudica as emendas a ele oferecidas;
VII – a rejeição de qualquer artigo do projeto, votado artigo por artigo, prejudica
os demais artigos que forem uma consequência daquele;
VIII – dentre as emendas de cada grupo, oferecidas respectivamente ao
substitutivo ou à proposição original, e as emendas destacadas, serão votadas,
pela ordem, as supressivas, as aglutinativas, as substitutivas, as modificativas
e, finalmente, as aditivas;
IX – as emendas com subemendas serão votadas uma a uma, salvo deliberação
do Plenário, mediante proposta de qualquer Deputado ou Comissão;
aprovado o grupo, serão consideradas aprovadas as emendas com as modificações
constantes das respectivas subemendas;
X – as subemendas substitutivas têm preferência na votação sobre as respectivas
emendas;
XI – a emenda com subemenda, quando votada separadamente, sê-lo-á antes
e com ressalva desta, exceto nos seguintes casos, em que a subemenda
terá precedência:
.....
Após o encerramento da discussão de determinada matéria no Congresso Nacional, a votação deve ser iniciada pelo projeto, que antecede, portanto, a votação dos destaques e das emendas.
Está correto:
Art. 49 - RCCN. Encerrada a discussão, passar-se-á, imediatamente, à votação da matéria, podendo encaminhá-la 4 (quatro) Senadores e 4 (quatro) Deputados, de preferência de partidos diferentes, pelo prazo de 5 (cinco) minutos cada um.
§ 1o Votar-se-á, em primeiro lugar, o projeto, ressalvados os destaques dele requeridos e as emendas.
(ou seja, a única exceção é se os destaques e as emendas formem relativos ao próprio projeto. Somente nesse caso, são votados primeiro).