A amostra tem que ser representativa da população. Para uma amostra ser representativa, cada item da população deve ter a mesma chance de ser selecionado, ou seja, de ser incluído na amostra.
A seleção da amostra não deve ter preconceito ou tendência. Deve ser sempre imparcial não só no sentido do objetivo final a ser alcançado, como também no sentido de não facilitar demais o trabalho a ser realizado pelo auditor, o que é em si uma parcialidade.
Há diferença entre amostragem probabilística (ou estatística) e amostragem não-probabilística (ou subjetiva). A primeira fundamenta-se na distribuição amostral e na seleção aleatória, enquanto que a segunda não tem base estatística, sendo a amostra selecionada por critérios pessoais decorrentes da experiência profissional e do conhecimento do setor em exame.
Na amostragem probabilística, o tamanho da amostra é função:
a. do(s) parâmetro(s) a estimar;
b. do nível de confiança desejável;
c. do erro tolerável ou índice de precisão escolhidos;
d. do grau de dispersão da população.
A amostragem probabilística permite, além da estimação pontual e do controle do erro, a estimação por intervalo, ao qual se associa um grau de confiança desejável, ou seja, uma probabilidade de o verdadeiro valor do parâmetro a estimar estar nele compreendido. É vantajosa a sua utilização, quando o objetivo é a obtenção de estimativas para a população (média, total, proporção e número de ocorrência), permitindo trabalhar com amostras de tamanho reduzido, em níveis de significância e confiabilidade adequados para assegurar a precisão desejada.
Se, entretanto, o objetivo é o exame de casos sem o interesse na obtenção de inferências sobre a população, ou quando o tamanho da amostra é muito pequeno (inferior a 10 casos), o auditor pode valer-se da amostragem não probabilística, utilizando os seguintes critérios de seleção para compor uma amostra:
a. seleção com base em análise de vulnerabilidade, risco potencial inerente e importância relativa;
b. itens com características inovadoras, pouco usuais ou com grande complexidade;
c. itens em que ocorreram mudanças na natureza, extensão, prazo ou custo original;
d. indícios de irregularidade ou erro;
e. desejo de dispor de uma distribuição razoável em relação a órgãos, unidades responsáveis, modalidades operacionais, setores de atividade econômica, estados da federação etc.
(fonte: http://www.senado.gov.br/senado/scint/insti/controles_internos_08_amostragem.asp)