Estão confundindo o que prevê o art. 359, CPP: "dia designado para funcionário público comparecer em juízo, como acusado, será notificado assim a ele como ao chefe de sua repartição". Essa previsão é uma INTIMAÇÃO do funcionário público para comparecer à audiência de instrução e julgamento, não tem nada a ver com o ato formal da CITAÇÃO, que é a ciência inaugural à pessoa denunciada pelo MP de cometer um crime.
Nas palavras de Renato Brasileiro (CPP comentado, 2016, f. 972), "o art. 359 do CPP visa preservar a regularidade e a continuidade do serviço público, que poderia ser prejudicada caso o funcionário se ausentasse sem prévia comunicação ao chefe da repartição". Quer dizer, é a intimação da audiência de instrução e julgamento. Por outro lado, se o funcionário estiver afastado de suas funções, não será necessária a notificação de seu chefe.
Assim, a forma estabelecida de citação de funcionário público pelo ordenamento jurídico é a geral, em regra, a prevista no art. 351 do CPP: "A citação inicial far-se-á por mandado, quando o réu estiver no território sujeito à jurisdição do juiz que a houver ordenado". (conferi doutrina de Guiherme Nucci e Renato Brasileiro antes de comentar)
Observe ainda que: "Art. 360. Se o réu estiver preso, será pessoalmente citado.".
Ex: "a polícia cumpre mandado de prisão contra servidor público, posteriormente, após o recebimento da denúncia pelo juiz, esse será citado pessoalmente no estabelecimento prisional que se encontrar".