Para os estruturalistas, as organizações podem ser concebidas segundo duas diferentes concepções:
1. Modelo racional da organização. A organização é um meio deliberado e racional de alcançar objetivos organizacionais. Os objetivos são explicitados - como maximizar os lucros -, e todos os componentes da organização são escolhidos em função de sua contribuição aos objetivos. A estrutura organizacional busca atingir a maior eficiência, os recursos são adequados e alocados de acordo com o plano diretor, todas as ações são apropriadas e seus resultados devem coincidir com os planos. Enfatiza o planejamento e o controle. As partes da organização se submetem a uma rede de controle. A organização funciona como um sistema fechado de lógica que exclui a incerteza. É o caso da Administração Científica, na qual a única incógnita na equação era o operador humano, razão pela qual a administração se concentrava no controle sobre ele. É o caso também do modelo burocrático, no qual toda contingência é prevista e orientada por regras. As influências ambientais sob a forma de clientes são controladas pelo tratamento impessoal da clientela através de regras padronizadas.
2. Modelo natural de organização. A organização é um conjunto de partes interdependentes que constituem o todo: cada parte contribui com algo e recebe algo do todo, o qual é interdependente com um ambiente mais amplo. O objetivo básico é a sobrevivência do sistema: as partes se vinculam mutuamente em interdependência através de processos evolutivos. No modelo de sistema natural tudo é funcional, e equilibrado, podendo ocorrer disfunções. A auto-regulação é o mecanismo que naturalmente governa as relações entre as partes e suas atividades, mantendo o sistema equilibrado e estável frente às perturbações vindas do ambiente externo. Há uma interdependência com um ambiente incerto, flutuante e imprevisível, havendo um equilíbrio das delicadas interdependências dentro do sistema ou entre o sistema e o ambiente. O sistema natural é aberto às influências ambientais e não pode ser abordado sob o aspecto de completa certeza ou pelo controle. Seu comportamento não é governado por uma rede de controle, pois é determinado pela ação do meio ambiente. Obedece a uma lógica de sistema aberto. O modelo de sistema natural traz como conseqüência o inevitável aparecimento da organização informal nas organizações. Não há nenhuma organização fechada ao ambiente ou inteiramente de acordo com os planos ou, ainda, que consiga completo poder sobre todos os seus membros.