sobre o uso do"que" e a vírgula:
'A palavra “que” pode ser um pronome (interrogativo ou relativo), um advérbio, uma preposição, uma conjunção (coordenativa ou subordinativa) ou uma partícula de realce ou expletiva.
A sua utilização precedida ou seguida de vírgula depende não só da sua natureza morfológica como da construção frásica em causa, pelo que, para a esclarecer, o melhor talvez seja enviar-nos uma frase a respeito da qual tenha dúvidas.
Não sendo exaustiva, refiro, no entanto, que:
1. Como pronome relativo, o que é precedido de vírgula, quando inicia orações explicativas.
Ex.: Ele, que tem a mania que percebe tudo, não estava, afinal, a ver bem a situação.
2. Como conjunção explicativa ou causal, é sempre precedido de vírgula.
Ex.: Não te distraias, que podes ter um acidente.
3. Como conjunção consecutiva, também é precedido de vírgula.
Ex.: Ele falou tanto, tanto, que ficámos cansados de o ouvir.
4. Na generalidade das outras situações, não é precedido de vírgula. Chamo especialmente a atenção para o que como conjunção subordinativa integrante, que nunca deve ser precedido de vírgula, porque a oração que inicia é parte integrante da anterior.
Ex.: Queria que esclarecesses tudo.
5. Naturalmente que, na situação anterior, o que pode ter uma vírgula a precedê-lo, se ela estiver a assinalar uma expressão circunstancial de qualquer natureza, uma oração, etc.
Ex.: Quero, diga ele o que diga, que esclareças tudo.
6. Em qualquer das situações anteriores, pode ser colocada uma vírgula depois do que, quando se lhe segue um sintagma explicativo, circunstancial, uma oração, etc.
Ex.: Penso que, quaisquer que sejam as circunstâncias, o deves ouvir com atenção.
7. Repare, no entanto, que, na situação anterior, como essa vírgula indica a introdução de algo adjacente, deverá ser utilizada uma outra vírgula a indicar o fim do sintagma introduzido e a continuação da oração iniciada pelo que.'
in Ciberdúvidas da Língua Portuguesa, https://ciberduvidas.iscte-iul.pt/consultorio/perguntas/o-que-e-as-virgulas/8241 [consultado em 29-01-2020]