O Supremo Tribunal Federal entende desta forma:
“Não há que se falar em violação ao art. 142 § 2º, da CF, se a concessão de habeas corpus, impetrado contra punição disciplinar militar, volta-se tão-somente para os pressupostos de sua legalidade, excluindo a apreciação de questões referentes ao mérito. Embora o disposto no art. 142 § 2º, da Constituição Federal de 1988, o entendimento jurisprudencial é pacífico no sentido do cabimento do habeas corpus quando o ato atacado revestir-se de ilegalidade ou constituir abuso de poder. O que a Constituição proíbe é que se julgue a pena disciplinar, [...] mas o Poder Judiciário pode verificar se a contravenção disciplinar foi punida pela autoridade competente dentro dos limites legais” (Recurso Extraordinário 338.840-1/RS).
Vale também mencionar um julgado do Tribunal Regional Federal da 4ª Região
RECURSO DE "HABEAS CORPUS" Nº 2003.71.02.009643-9/RS
PENAL. RECURSO DE ‘HABEAS CORPUS’. MILITAR. PUNIÇÃO DISCIPLINAR. CONTROLE JUDICIAL. REQUISITOS FORMAIS. AUSÊNCIA. MANTIDA A CONCESSÃO DA ORDEM.
“A punição disciplinar militar não está isenta de apreciação jurisdicional, tampouco pode prescindir dos requisitos da motivação e razoabilidade que devem fazer parte dos atos administrativos. O comandante militar, embora tenha competência para punir, deve pautar sua conduta pelos ditames da Lei e da Constituição. Em face dos princípios da hierarquia e disciplina - que são inerentes às organizações militares - ao Poder Judiciário é vedado o exame do mérito da sanção aplicada – oportunidade e conveniência - mas não dos aspectos referentes à legalidade da punição, tais como competência da autoridade para o ato, observância das normas, oportunidade de defesa, etc.”
Esse é o entendimento do Superior Tribunal de Justiça (STJ), hierarquicamente superior aos juízes e tribunais, tanto estaduais, quanto federais, professado no Recurso em Habeas Corpus 2000/0017728-8, verbis:
"PROCESSUAL PENAL. MILITAR. HABEAS CORPUS. PRISÃO DISCIPLINAR. ART. 142 § 2º, DA CONSTITUIÇÃO FEDERAL. - A restrição é limitada ao exame do mérito do ato administrativo, sendo viável, portanto, a utilização do remédio tutelar constitucional da liberdade de locomoção, relativamente aos vícios de legalidade, entre os quais, a competência do agente, o direito de defesa e as razões em que se apoiou a autoridade para exercer a discricionariedade.