Questão que em história envolveria a tão criticada decoreba de datas. E embora seja minúcia de historiador, de 1763 a 1822 o Rio de Janeiro foi a sede da administração do Brasil colônia, uma vez que capital pressupõe autogoverno e durante a colônia não havia isso. Salvador, que foi sede da colônia, parcial ou totalmente entre 1549 e 1763, o que dá 214 anos, é considerada a "primeira capital do Brasil", mas ao contrário do Rio, jamais foi o centro das decisões do país.
Então o Rio de Janeiro teve as seguintes classificações em sua história:
1763-1822: sede da administração do Brasil colônia
1822-1834: capital do Império e da província do Rio de Janeiro
1834-1889: capital do Império e município neutro (pois não se situava em nenhuma província)
1889-1891: capital do Brasil (agora República) e município neutro
1891-1960: capital do Brasil e Distrito Federal
E...
1960-1975: capital do estado da Guanabara (a única cidade-estado na história do Brasil)
Desde 1975: capital do estado do Rio de Janeiro.